На 26.09.1967 година Светиот Синод на Македонската Православна Црква донесе одлука за отворање Православна Богословија, средно-образовен теолошки центар, од кој што ќе се изнедрува наставниот кадар за потребите на Црквата. Програмата за редовната настава беше утврдена на првиот наставнички совет одржан на 17.10.1967 година со благослов на тогашниот Дебарско-Кичевски Митрополит г. Методиј. На почетокот Богословијата беше сместена во манастирот „Горни Свети Илија“ во село Бањани во скопската околина. Ја започна редовната настава на 01.11.1967 година со 68 ученици од сите пет класови. Професорскиот колегиум беше составен од тројца редовни и шестмина вонредни професори, а првиот ректор на училиштето беше професорот Борис Бошковски.
Следната година училиштето
е преместено во селото Драчево. Со призив на Светиот Дух, учебната
година започна на 04.12.1968 година. Заради лошата состојба, зградата
на училиштето е реновирана во 1973 година.
Во учебната 2001/2002 година училишната настава се одвиваше во конаците на ставропигијалниот манастир „Рождество на Пресвета Богородица“, во с. Калишта, Струга. Во истиот временски период се реновираше комплексот на Богословијата во Драчево, којашто прерасна во установа од современ тип. Беше изграден и нов параклис посветен на патронот на училиштето – Свети Климент Охридски.
Школувањето трае пет години во услови на интернатски живот. Денот започнува со станување во 5 часот и 45 минути, по што следи утринска молитва и појадок. Потоа започнува редовната настава којашто продолжува со ручек и одржување на воннаставни активности. Следува вечерната молитва, две занимања за учење, вечера, гледање телевизиска програма и уште едно занимање. На крајот заедничка молитва пред спиење, а во 22 часот подготовка за ноќен одмор.
Од воннаставните активности застапени се следните секции: богословска трибина, литературна секција, училишен хор, еколошка секција, хуманитарна секција, секција на Црвениот Крст и спортска секција. Со секциите раководат професори. Богословијата има училишна библиотека којашто располага со книжен фонд од 5.979 книги.
Од досега дипломираните богослови, значајно е да се спомене дека повеќемина се здобија со дипломи како дипломирани теолози на нашиот Богословски факултет или во странство. Има неколку магистри и доктори по теолошки науки. Радува и фактот дека од крилото на Богословијата имаме и четворица митрополити, Тимотеј, Стефан, Агатангел и Иларион. Што се однесува до монаштвото во Македонија, чиешто возобновување е во тек, од учениците во Богословијата досега се замонашиле шестмина.
