Скопската епархија ја возглавува Неговото Блаженство архиепископот Охридски и Македонски г.г. Стефан.
Најпознати цркви и манастири во оваа епархија се:
- Манастир Св. Георгиј, Криви Дол, Скопје
- Манастир Св. Никита, с. Бањани, Скопска Црна Гора
- Манастир Успение на Пресвета Богородица, Матка
- Манастир Св. Никола, с. Љубанци, Скопска Црна Гора
- Марков манастир - Св. Димитриј, с. Маркова Сушица
- Манастир Св. Илија, с. Чардак, Скопска Црна Гора
- Манастир Св. Спас, Скопје
- Манастирска црква Св. Пантелејмон, с. Нерези
- Манастирска црква Св Андреј, Матка
- Манастирска црква Св. Никола, с. Шишево
- Манастир Св. Илија, с. Бањани, Скопска Црна Гора
- Црква Св. Спас, с. Кушевиште, Скопска Црна Гора
